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宏基因組學(xué)測序的主要瓶頸是快速有效的DNA提取。我們對多種樣本類型采用了三種磁珠提取法平臺(KingFisher, epMotion, and Tecan)和一種標(biāo)準(zhǔn)化離心柱法平臺進(jìn)行了DNA提取效率的比較實驗，這些樣本包括糞便、口腔、皮膚、土壤和水。美國科學(xué)家Clarisse Marotz等提取重復(fù)樣本并且用16S rRNA基因擴(kuò)增平行測序來評估提取差異和DNA質(zhì)量。數(shù)據(jù)證明，與樣本的多樣性相比，提取方法對測序結(jié)果的任何影響很小。然而，KingFisher平臺可以在zui短的時間內(nèi)產(chǎn)生zui大量的高質(zhì)量讀長序列。基于這些結(jié)果，我們在沒有丟失細(xì)菌分類或豐度信息的情況下顯著減少了樣本的處理時間。
原文：
DNA extraction for streamlined metagenomics of diverse environmental samples. Clarisse Marotz, Amnon Amir, Greg Humphrey. BioTechniques 62:290-293 (June 2017).
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